國立東華大學為臺灣東部第一所綜合型大學，在綠野田疇中建立起校園，主校區以打造柏克萊大學哈斯商學院著名的後現代主義建築大師查理摩爾(Charles W. Moore)擎畫之設計藍圖，融合其他建築師的設計，創造出具人工河道與湖泊的校園，成為現今學校的景觀。主校區基本依座北朝南設計，惟中軸線由北略向西偏約20°而至南略向東偏約20°，以避免太陽東西向之直射。如今校園的新建築都需要接受當時所制定的規範，建構一個具整體性的校園環境；而塔狀建築也成為了東華所有建築所共有的特點。
該校壽豐校本部位於花東縱谷北側起點，為東臺灣著名觀光景點。2004年，首開大學與博物館合作辦學之先，於海生館內合作成立海洋科學學院。2008年，花教大併入改為美崙校區創新研究園區。現今該校擁有三個校區，總面積高達264公頃（不含海洋科學學院），除了海洋科學學院，全校學術與行政皆整合於壽豐校區。